جنگ جلال اباد در حقیقت یک شکست غیر قابل بیش ینی برای مجاهدین بود و این جنگ سبب شد تا تغیراتی در نطریات و افکار مجاهدین بوجود بیاورد مبنی بر اینکه انها نمی توانند دولت دوکتور نجیب الله را به زور سقوط دهند
همزمان به ان یک تعداد مجاهدین به این عقیده بودند که از پروسه ای مصالحه ملی که توسط دولت اعلان شده بود حمایت نموده و با دولت اشتی نمایند . بدین ترتیب پوتنسیال نظامی مجاهدین که تا حدی از قوت بهتری برخودار بود اهسته اهسته تضعیف شد
اسمعیل خان می گوید : شهرت و اعتباریکه مجاهدین در طی ده سال گذشته بدست اورده بود در جنگ جلال اباد انرا از دست دادند
بدین ترتیب ستراتیژی مجاهدین از مقابله با یک جنگ رویاروی با دولت کابل تغیر کرد . مجاهدین بیشتر به فکر یک کودتا نظامی شدند .در واقع کودتای شهنواز تنی وزیر دفاع دولت دوکتور نجیبالله با همکاری اقای حکمتیار بتاریخ 6 مارچ 1990 نیز بخشی ازین تلاش ها بود . بهر صورت این کودتا نیز ناکام شد اقای حکمتیار باور داشت که کودتا می تواند اسانترین راه برای بدست گرفتن قدرت سیاسی در کابل باشد اما باوجود شکست جنگ جلال اباد بعضی از قوماندانان مانند جلال الدین حقانی هنوز هم باور به پیروزی نیروی نظامی داشتند .
مبتنی بر این فکر انها پیشنهاد مصالحه ملی را که از طرف دولت دکتور نجیب لله اعلان شده بود رد کردند .
در سال 1990 جلال الدین حقانی شورای قوماندانان مجاهدین را تشکیل داد و از انها خواست تا تمام عملیات های داخلی خود را هماهنگ سازند تجربه ای ناکام جنگ جلال اباد که در ان هیچگونه هماهنگی ای بین قوماندانان داخلی و رهبران تنطییم ها در پشاور وجود نداشت درسی خوبی برای جلال الدین حقانی بود . جلال الدین حقانی قوماندانان داخلی را تشویق کرد تا با اتحاد شان نفس تازه ای به قدرت قوماندانان داخلی بدهند.
شورای اول قوماندانان داخلی به تاریخ 7— 8 ماه می سال 1990 در پکتیا دایر شد دومین شورا بتاریخ 22 --- 24 جون 1990 دایر شد و اعلامیه ای در ان منتشر گردید که در ان امده بود اینکه هیچگونه فاصله ای بین قوماندانان داخلی و رهبران مجاهدین وجود ندارد بلکه تمام شان نماینده گی از مردم افغانستان نموده و عضویکدیگر میباشند.
سومین شورای قوماندانان از تاریخ 9 --- 13 اکتوبر همان سال در شاه سلیم سرحد ولایت بدخشان دایر شد درین شورا حدود 1000 تن از قوماندانان به شمول قوماندان احمد شاه مسعود اشتراک ورزیده بودند . درین شورا قطعنامه ای علیه ستراتیژی اداره استخبارات پاکستان یعنی ای اس ای به تصویب رسید . اداره استخبارات پاکستان ای اس ای می خواست تا حمله ای دسته جمعی قوماندانان و مجاهدین بر کابل صورت گیرد اما این شورا به ان مخالفت کرد . شورا پیشناد نمود تا مراکز 9 زون اول در ولایات مختلف تصرف شود بعدا رهبران جهادی به مشوره ای همدیگر به یک رهبری سیاسی موافقت کنند ولی اگر اینکار ممکن نشد دران صورت قوماندانان داخلی تصمیم خواهند گرفت . اما این شورا توسط اقای حکمتیار و استاد سیاف تحریم شد. و ای اس ای هم از شورای مجاهدین و قوماندانان مجاهدین خواست تا انرا تحریم کنند
گر چه بعد ها ای اس ای و اقای حکمتیار از تلاش های نظامی مولوی جلال الدین حقانی و مجاهدین وی بر ضد دولت کابل در سال 1992 پشتیبانی کردند اما بر عکس جنگ جلال اباد جنگ خوست دستاورد های خوبی برای مجاهدین داشت.
جنگ خوست در نیمه ای ماه مارچ 1992 اغاز شد .والی 31 مارچ ادامه یافت و در نتیجه شهر خوست در مدت دو هفته بدست مجاهدین مولوی حقانی سقوط کرد. چیریکه باید بدان خیلی اهمیت داد عبارت از جغرافیای کاملا متفاوت این دو جنگ بود . جلال اباد جغرافیای خیلی هموار و در کنار شاهراه بزرگ ستراتیژیک کابل و دره ای خیبر موقعیت دارد که طبیعتا برای دولت افغانستان بزرگ به حساب می رفت.. اما ولایت خوست درجنوب شرق افغانستان و در نزدیکی سرحد پاکستان قرار داشته که از شاهراهای بزرگ بدور است . این شهر از شروع جنگ های داخلی در افغانستان در محاصره قرار داشته و از اهمیت ستراتیؤیک برخوردار نبود . برای قوت های نظامی دولتی خیلی دشوار مینمود تا کمبود تجهیزات نظامی را عندالموقع اکمال نماید. تا زمانیکه قوت های نظامی اتحاد شوروی در افغانستان حضور داشتند اکمالات نظامی ولایت خوست توسط نیرو های هوایی انها صورت می گرفت اما زمانیکه قطعات سرخ قشون شوروی از افغانستان خارج شدند یگانه راهیکه دولت افغانستان می توانست به خوست دسترسی داشته باشد مسیر هوا یی بود .
نا هموار بودن اراضی خوست امتیازی برای مجاهدین خوست به شمار می رفت که می شد روی ان حساب کرد این موقعیت جغرافیایی مجاهدین را قادر ساخت تا مدت ده سال شهر خوست را در محاصره داشته باشند ویک هماهنگی خوبی بین خود ایجاد نمایند مجاهدین توانسته بودند تا تونل هاو مغاره های بزرگ برای رفت و امد خود ایجاد نمایند که پناه گاهی خوبی برای انها در زمان بمباران طیاره های قوای اتحاد شوروی و دولت افغانستان به حساب میرفت..
بتاریخ 14 مارچ 1991 مجاهدین حملات خود را بالای شهر خوست اغاز کردند حومه ای شهر از سه طرف مورد تهاجم توپ و تانگ و راکت های سکر بیست ساخت شوروی و بی ایم 21 مجاهدین قرار گرفت . یکی از تاکتیک های مجاهدین این بود که شبانه خود را به حومه های شهر نزدیک می ساختند و شهر را زیر اتش قرار می دادند تا سربازان دولتی از مواضع شان عقب بروند تا زمینه ای پیشرفت برای مجاهدین میسر شود.
بعد از تصرف میدان هوایی و تسلیمی یک تعداد از سربازان دولتی مجاهدین به طرف شهر بیشروی کردند هدف اصلی بیشروی مجاهدین تصرف مرکز اصلی نیرو های نظامی بود که در تخته بیک و متن قرار داشت.و حدود سه الی چار هزار عساکر دولتی در انجا مستقر بودند. تعداد مجاهدین درین جنگ مشخص نبود لیکن به گفته ای بعغی از منابع حدود 1500 تن از مجاهدین از جبهه جنوب غرب در ان اشتراک داشتند .
باید به خاطر داشت که دو جبهه ای دیگر نیز وجود داشت جبهه ای جنوب شرق و جبهه ای شمال غرب . گمان برده میشد که درین سه جبهه تعداد مجاهدین قریب به تعداد عساکر دولتی بودند .
شهر خوست بتاریخ 31 مارچ سال 1991 بعد از انکه عساکر دولتی به مجاهدین تسلیم شدند سقوط کرد . به گفته ای یکی از جنرالان دولتی نرسیدن اکمالات و مهمات نظامی به عساکر محاصره شده دولتی یکی از دلایل عمده سقوط شهر خوست شمرده می شود
درین جنگ مجاهدین بیش از دو هزار نفر نیرو های دولتی را اسیر گرفتند زمانیکه مجاهدین راه های منتهی به خوست را مسدود ساختند یگانه راه اکمالاتی دولت راه هوایی بود که انهم مواد ارتزاقی و مهمات از طریق هوا پرتاب می شد چون مجاهدین راکت های ضد طیاره و ستنکر در اختیار داشتند.
یکی از دلایل دیگر موفقیت مجاهدین ان بود که اراضی پوشیده از درختان و جنگلات وسیع در اختیار داشتند و این سبب می شد تا مجاهدین در بین ان ستر اخفا نموده و از حملات هوایی و راکتی و بمباران خود را نجات دهند.
اما با وجود انهم مجاهدین توسط راکت های دور برد سکات در امان نبودند و مورد بمباران قرار می گرفتند.
گفته می شود تفاوتی که در بین جنگ خوست و جلال اباد به مشاهده می رسد این بود که در جنگ خوست مجاهدین در بین خود همکاری خوبی داشته اند و این راز موفقیت انها در جنگ های خوست بود.
جنگ خوست به رهبری مولوی جلال الدین حقانی به پیش برده می شد وشورای قوماندانان داخلی که تحت رهبری وی قرار داشت نقش عمده ای در تصرف خوست داشتند
مجاهدین با تصرف ولایت خوست دست به تبلیغات وسیع زدند بدین معنی که میتوان دولت دوکتور نجیبالله را با زور ساقط ساخت.
تصرف خوست یک موفقیت تاکتیکی برای مجاهدین شمرده می شد.ولی دولت دوکتور نجیب الله را تهدید کرده نمیتوانست.. اما اعلان استعفی دوکتور نجیب الله در سال 1992 دلیل اساسی سقوط دولت دوکتور نجیبالله را فراهم ساخت تا باالاخره دولت طرفدار اتحاد شوروی در ماه اپریل سال 1992 در کابل سقوط کرد.
سقوط رژ یم طرفدار شوروی در ماه اپریل 1992 بیشتر به ایتلاف ملیشیا ی جنبش شمال با کودتا چیان داخل حزب دیموکراتیک رژیم دوکتور نجیبالله بر میگردد .
یکی از دلایل مهم دیگر فرو پاشی اتحاد جماهیر شوروی در همان سال بود که کمک کننده اصلی حکو مت کابل به حساب می رفت .
باقیدارد